1.骨骼成分不同。软骨鱼类骨骼为单一软骨质。硬骨鱼类骨骼已经骨化,有膜成骨和软骨成骨两种类型。
2.软骨鱼的脑颅为单块,呈简单匣状,顶部不封,双枕髁。硬骨鱼脑颅由多数骨块、骨片组成,顶部封闭,单枕髁。
3.软骨鱼的颌由颚方软骨(上颌骨)和麦氏软骨(下颌骨)构成,与脑颅连接的方式为双接式。硬骨鱼中则主要由齿骨和隅骨取代,与脑颅的连接方式为舌接式。
4.软骨鱼的肩带和腰带为简单软骨棒,肩带不与头骨相连。硬骨鱼的肩带直接与头骨相连。
5.软骨鱼鳃弓一般5对(不包括颌弓和舌弓),硬骨鱼4对。
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